Ailelerin en çok merak ettiği konulardan biri sünnetin ne zaman yapılması gerektiğidir. Sünnet için tıbbi olarak problem teşkil edecek bir yaş aralığı bulunmaz. Sünnet teknik açıdan her yaşta yapılabilir. Ancak çocukların gelişimi sadece fiziksel değil, hem de psikolojik olarak da değerlendirilmelidir. Çocukta cinsel kimliğin oluştuğu ve bilincin henüz gelişmeye başladığı çağ olan 2,5 ila 5 yaş arası sünnet olması önerilmemektedir. 

Yenidoğan dönemi ilk bir aylık süreci kapsar ancak yenidoğan sünnetinde bu süreyi doğumdan itibaren ilk 2-3 aya kadar genişletmek mümkündür. Bu dönemde bebekler geçirdikleri ameliyatlarla ilgili hiçbir şey hatırlamayacağı için herhangi bir psikolojik travma yaşamamaktadırlar. İşlem için genel anestezi de çoğu zaman gerekmemektedir. Ayrıca penis üstündeki damarlar çok küçük olduğundan kanama çok az olacak ve iyileşme süresi de daha hızlı olacaktır.

Estetik hatalar görülen sünnet işlemlerinde penisin gövde ya da baş kısmında yaralanmalar meydana gelebilir. Daha sonra bu hataların düzeltilmesi gerekmektedir. Yaralanmaların şiddetine göre düzeltilemeyen durumlar ve daha ileri aşamada penis kaybı görülebilir.

Günümüz tıp dünyasında her işlem bir yarar / risk oranı göz önüne alınarak uygulanmaktadır. Asepsi antisepsi kurallarına riayet edilerek lokal anestezi altında çocukla iletişim kurularak kısa sürede yapılabilecek bir işlem için genel anestezi riskini almak ( özel bir durum söz konusu olmadığı takdirde ) pek uygun görülmemektedir.

Sünnet ciddi bir cerrahi müdahaledir. Psikolojik yaklaşım açısından, anestezi tekniği ve riskleri açısından, cerrahi estetik ve teknik açısından iyi eğitimli profesyonel kişilerce uygulanmalıdır. Basit görülen bu işleme bağlı ciddi kalıcı sakatlıklar oldukça sıktır.

Beslenme sıkıntısı yaşayan bebeklere, idrar deliğinin, olması gerekenden daha aşağıda ve sünnet derisinin yarım olduğu durumlarda (hipospadias),üregenital yani üreme ve boşaltım sistemini ilgilendiren doğumsal hastalık durumlarında, hemofili gibi pıhtılaşma bozukluğuna sahip, kanamaya eğilimli olan kişilerde gerekli tetkikler yapılıp, kesin teşhis konulmadan sünnet yapılması sakıncalıdır.

İşlem sonrası çoğu zaman sargı dahi gerekmez, bazen ufak bir sargı konulabilir. 48 saat sonra bu sargı alınarak banyo yaptırılabilir. İlk iki gün ağrı kesici kullanılması gerekebilir. Penis ucunda hafif şişme beklenen bir durumdur ve 2 hafta içinde normal görünümüne kavuşur.